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Atomi in 3D grazie all'Ultrafast Shape Recognition (Usr)

  Autore: n/a

  venerdì 16 marzo 2007 ore: 00:00:00 - letto [ 3965 ]

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La caratterizzazione di nuove molecole per uso farmacologico può ora avvalersi di un innovativo strumento informatico. È stato infatti messo a punto un software, denominato Ultrafast Shape Recognition (Usr), in grado di confrontare le strutture molecolari in tempi fino a 1.500 volte più rapidi di quanto non fosse finora possibile. La tecnica, diversamente dalle altre, effettua il confronto partendo dalle misure di posizione relativa di ogni atomo delle molecole in esame, rendendo possibile l’analisi di circa un miliardo di molecole di cui attualmente si hanno questo tipo di informazione.

Il raffronto di strutture molecolari è uno strumento molto utilizzato nel campo dell’identificazione di nuovi farmaci in quanto composti con strutture simili spesso presentano attività simili. Finora il modo più comune per far ciò era lanciare un confronto a partire da una specifica molecola di riferimento e cercando quelle che meglio si sovrapponevano a essa. Ma tale allineamento molecolare è molto dispendioso in termini di tempo. Pedro Ballaster e Graham Richards, ricercatori della Oxford University, hanno invece presentato sulla rivista Proceedings of the Royal Society Academy un approccio completamente diverso. Usr è in grado di effettuare il confronto strutturale a partire dal modello matematico ricavato dalle posizioni atomiche registrate in appositi database, con notevole risparmio di tempo perché non importa l’orientamento della molecola indicato in archivio.

Ballester suggerisce inoltre che è possibile estendere tale approccio usando altri tipi di misura, come la distanza tra margini della struttura. Henry Rzepa, esperto di analisi molecolare all’Imperial College London conferma quanto sostenuto da Ballaster, aggiungendo però che a oggi solo una minima parte dell’informazione relativa alla conformazione 3D dei composti è effettivamente sfruttabile. A questo proposito Rzepa e colleghi stanno quindi costruendo un banca dati aperta denominata Spectra per migliorare la disponibilità di informazioni sulla chimica delle molecole. (a.p.)



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